La piattaforma di Biologia computazionale assiste gli utenti nella definizione del disegno sperimentale e fornisce servizi di gestione, analisi e modellazione statistica di dati high throughput.
Il cluster HPC MACHINA è composto da 376 cores con 7631,9 GB di RAM distribuiti su 21 Blades e oltre 100 TB di storage. MACHINA comprende sia nodi GPU che nodi con 2TB di RAM, consentendo un ampio spettro di applicazioni che vanno dal Machine Learning all'assemblaggio di genomi complessi
Servizi
Genomica e metagenomica
Assemblaggio e annotazione di genomi
Sviluppo di array di genotipizzazione (Illumina/Affymetrix)
Analisi di dati di risequenziamento (SNP discovery, GBS, SPET, genomica comparativa)
Analisi dati di metagenomica basata su ampliconi (16S, ITS)
Assemblaggio e annotazione di metagenomi shotgun
Trascrittomica
Assemblaggio e annotazione funzionale di trascrittomi
Analisi differenziale di espressione genica
Analisi di arricchimento funzionale
Analisi non supervisionata (clustering, PCA)
Metabolomica
Pre-processamento di dati prodotti in esperimenti di metabolomica targeted e untargeted su piattaforme NMR e LC-MS.
Campi d'applicazione
Agricoltura
Analisi genomica di piante, insetti, funghi, batteri e virus
Analisi di espressione genica in condizioni di stress biotico o abiotico
Interazioni pianta - patogeno
Supporto al breeding assistito da marcatori molecolari
Analisi di biodiversità
Analisi di comunità microbiche
Variabilità genomica di popolazioni naturali
Agroalimentare
Analisi di metagenomica e metabolomica di prodotti fermentati;
Tracciabilità alimentare;
Sicurezza e qualità alimentare;
Analisi dei microbiomi associati all'ospite (umano, animale o pianta)
