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Fondazione Edmund Mach
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DNA animale, ambientale e antico

La comprovata esperienza maturata abilita la piattaforma all’estrazione e amplificazione del DNA da campioni biologici animali per applicazioni genetiche, genomiche e metagenomiche. Ha 3 laboratori indipendenti (BSL2) per: campioni invasivi (tessuti), ambientali (pellet fecali, pelo, acqua) e antichi (ghiaccio, ossa).

Immagine: Genomica-della-conservazione-2022-Foto-Marco-Parisi-1 (1)

Strumenti

Immagine: Copy of Biomark HPR_1
Biomark HPR Plus

Lettore di Pit-tag impermeabile, antiurto, con GPS integrato e antenna esterna a potenza regolabile.

Immagine: Copy of Thermo Qbit_1
Thermo Fisher – Qbit 4 

Sistema di quantificazione fluorimetrca per DNA/RNA.

Immagine: Copy of Thermo Kingfisher_1
Thermo Fisher - Kingfisher 96 Flex 

Estrattore automatico basato sulla cattura del DNA tramite biglie magnetiche. Utilizzato per estrazione di 96 sample/run.

Immagine: Copy of Tecan Spark_1
Tecan – Spark

Lettore di piastre multimodale utilizzabile per analisi di genomica e proteomica, microbiologia e saggi cellulari.

Immagine: Copy of Promega Maxwell_2
Promega - Maxwell RSC

Estrattore automatico (16 campioni) basato sulla cattura del DNA tramite biglie magnetiche. L’estrazione avviene in cassette sterili, che garantiscono un'estrazione pulita.

Immagine: Copy of Sage Science Bluepippin_1
Sage Science - Blue Pippin

Frazionatore e selezionatore di DNA tramite grandezza del frammento. Strumento che permette il recupero del DNA in base alla taglia. Molto utilizzato per ottimizzare l’analisi NGS.

Immagine: Copy of Agilent Bioanalyzer_5
Agilent Technologies - BioAnalyzer 2100

Sistema di elettroforesi capillare con detection di concentrazione e taglia allelica.

Immagine: Copy of Covaris M220_2
Covaris

Disgregatore ultrasonico per il taglio del DNA per il sequenziamento di nuova generazione; genera distribuzioni di frammenti piccoli e altamente riproducibili (150 e 1500 bp).

Immagine: Copy of Qiagen QIAgility_1
Qiagen - Qiagilty

Sistema automatico compatto di manipolazione dei liquidi; biologicamente sicuro grazie ad una cappa automatica filtrante di tipo 2.

Immagine: Copy of Qiagen QIAxcel_1
Qiagen - QIAxcel Advanced 

Strumento che automatizza completamente l'elettroforesi capillare sensibile ad alta risoluzione fino a 96 campioni per analisi. 

Immagine: Copy of Eppendorf epMotion96_1
Eppendorf - epMotion96 

Pipettatore automatico da 96 campioni

Immagine: Copy of Eppendorf epMotion5075_1
Eppendorf - epMotion 5075 

Sistema automatico per miscelare, riscaldare e raffreddare campioni e reagenti; biologicamente sicuro grazie alla presenza di una cappa automatica filtrante di tipo 2.

Servizi

 
Genotipizzazione dell’ittiofauna: Salmo, Thymallus, Esox

Analisi genetica di popolazioni di interesse conservazionistico e alieutico, ai fini del monitoraggio e della selezione di riproduttori: definizione dell’appartenenza a specifiche unità di conservazione, dell’introgressione, dei livelli di parentela.

 
Genotipizzazione individuale con DNA ambientale (eDNA)

Tipizzazione esperta di singoli animali da campioni invasivi e non invasivi (pellet fecale, saliva, pelo) utilizzando marcatori STR specie-specifici, per applicazioni come il monitoraggio genetico e la cattura e ricattura molecolare.

 

 
Scienze forensi per la fauna selvatica

Supporto scientifico a indagini penali con l'estrazione di DNA da campioni forensi di scarsa qualità (tracce ematiche, trofei, tessuti alterati) e confronto con database regionali relativi a specie d’interesse venatorio e conservazionistico,

Campi d'applicazione

 
Conservazione della fauna

Supporto scientifico alla conservazione animale, con esperienza più che ventennale, utilizzando la genetica per misurare ricchezza in specie, livelli di ibridazione, diversità genetica, dimensioni di popolazione e presenza di individui (monitoraggio genetico).

 

 
Monitoraggio della biodiversità con DNA ambientale

Sviluppo di protocolli di metabarcoding per un’accurata identificazione di anfibi e invertebrati, e relativi patogeni, da campioni d’acqua da zone umide, finalizzato al riconoscimento e al monitoraggio rapidi e a basso costo delle specie, in risposta alle richieste determinate dalla crisi estintiva. 

 
Caratterizzazione della dieta e del microbiota

Ottimizzazione di protocolli per caratterizzare la dieta e la composizione dei microrganismi da campioni ambientali e fecali, motivata dall'importanza del microbiota intestinale e della dieta per la salute individuale e il funzionamento dell’ecosistema.

 

 
Zootecnia

Applicazione a questo settore degli approcci molecolari sopra elencati, per la preservazione della diversità genetica delle razze di bestiame locali e del loro microbiota, a favore della sostenibilità dell'agricoltura di montagna.